Le service coordonnateur chargé de l'instruction adresse le dossier aux services et aux établissements publics de l'Etat chargés de l'application des législations mentionnées à l'article L. 412-24 concernées par le projet, qui rendent leurs contributions sous quarante-cinq jours à compter de leur saisine. Le cas échéant, le dossier est transmis à la collectivité compétente dans les conditions prévues à l'article R. 412-74.
Au cours de l'instruction du dossier, s'il apparaît qu'il manque des informations pour apprécier le projet, le préfet invite le déclarant à régulariser son dossier dans un délai qu'il fixe, qui ne peut être supérieur à trois mois, et lui précise qu'en l'absence de production des pièces complémentaires dans le délai imparti, le déclarant sera réputé renoncer à son projet et n'aura pas le droit de le réaliser.
Une fois le dossier complété et régularisé, le préfet adresse au déclarant un nouveau récépissé précisant pour les projets soumis à déclaration la date à compter de laquelle le silence de l'administration vaudra décision de non-opposition aux travaux.
Si le dossier relève d'une autorisation au titre du I de l'article R. 412-58, le préfet en informe le déclarant en lui précisant dans quel délai la décision doit intervenir compte tenu des avis qui doivent être recueillis, et que le silence gardé au-delà de ce délai vaut décision de refus.