Les représentants au sein de la CPT nomment un président et un vice-président appartenant chacun à un collège différent.
Le président et le vice-président sont choisis par leur collège respectif parmi les représentants de la CPT.
La présidence de la CPT est assurée alternativement par le collège « employeur » et par le collège « salarié » tous les 2 ans.