Les missions et la composition de chaque commission thématique interfilière sont définies par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.
Toutefois, les missions et la composition de la commission thématique interfilière consacrée à la bioéconomie sont définies par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la forêt, de l'énergie et de l'environnement. L'établissement assure conjointement avec l'établissement mentionné à l'article L. 131-3 du code de l'environnement le secrétariat de cette commission.