Le président et le cas échéant le vice-président de chaque commission thématique interfilière sont nommés par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, parmi ses membres, sur proposition de cette commission.
Les membres de commissions thématiques interfilières autres que les représentants de l'Etat sont nommés par décision du directeur général de l'établissement.
Toutefois, les membres, le président et le cas échéant le vice-président de la commission thématique interfilière consacrée à la bioéconomie sont nommés par arrêté conjoint des ministres chargés de l'agriculture, de la forêt, de l'énergie et de l'environnement.