Les organismes de contrôle périodique sont agréés par arrêté du ministre chargé des installations classées. L'arrêté est publié au Journal officiel de la République française.
L'arrêté d'agrément mentionne le périmètre pour lequel l'organisme de contrôle périodique est compétent.
Pour le contrôle des installations visées aux articles R. 517-1 à R. 517-8, les organismes de contrôle périodique doivent en outre, s'il y a lieu, être habilités en application des articles R. 2311-7 et R. 2311-8 du code de la défense relatifs à la protection du secret de la défense nationale.